ولد الشيخ مصطفى إسماعيل في قرية صغيرة بمحافظة الغربية بمصر، مركز طنطا اسمها قرية ميت غزال بتاريخ 17 يونيو 1905 لأبٍ فلاح من عائلة ثرية معروفة.
كان جده لا يريد أن يعمل حفيده بالزراعة فألحقه بكتّاب القرية حيث استرعى ومن اللحظة الأولى انتباه شيخه لسرعة حفظه وحلاوة تلاوته للقرآن الكريم.
بدأ الطفل يلتزم الكتاب والحفظ حتى أتم حفظ القرآن كاملاً ولم يتجاوز الثانية عشر من عمره.
وفي يوم استمع إليه صدفة أحد المشايخ الكبار في علوم القرآن وكان في زيارة للقرية فانبهر بأدائه وحسن صوته فسأل شيخه عنه وعن عائلته وعن عنوانهم وذهب إلى جده وتنبأ له بأن حفيده سيكون له شأن عظيم إذا نال قدرا كافيا من التعليم لأحكام القرآن ونصحه بأن يذهب به إلى المسجد الأحمدي بمدينة طنطا ليزداد علما بأحكام الترتيل والتجويد والقراءات.
بدأ مصطفى يقرأ أمام الناس، ومع مرور الأيام ذاع صيته في محافظة الغربية واشتهر بأنه صاحب مدرسة جديدة مختلفة في القراءة و بأسلوب مميز مختلف لم يسبقه إليه أحد من قبل.
استمع الملك فاروق لصوت الشيخ مصطفى إسماعيل في حفل نقلته الإذاعة فأعجب به وأصدر أمراً ملكياً بتكليفه ليكون قارئاً للقصر الملكي.
وبالرغم من ذيوع صيت الشيخ مصطفى إسماعيل في أنحاء مصر وخارجها إلا أن الشيخ محمد رفعت كان يعترض أحياناً على قراءته لكثرة أخطائه ونصحه بضرورة القراءة مرة أخرى على الشيخ عبد الفتاح القاضي شيخ عموم المقاريء ومعلم القراءات، فذهب إلى الشيخ القاضي والذي كان قد سمع عنه وأستمع إليه في الإذاعة وعشق صوته فأخذ يلازمه أينما ذهب ليبين له أوجه القصور في قراءته فبدأت قراءته تتحسن حتى أطمأن الشيخ القاضي على قراءته وطمأنه عليها .
كان يحضر تلاوة الشيخ مصطفى إسماعيل الشيخ درويش الحريري عالم المقامات الملحن المعروف آنذاك، والذي تتلمذ على يديه كبار مقرئي هذا العصر، ويقول الشيخ مصطفى عندما سئل عمن علمه المقامات: “لقد التقطت أذناي كل ما سمعته طوال حياتي واستنبطت منه طريقتي في الأداء بالفطرة، حتى قال الشيخ الحريري عن هذه الفطرة إنها أقوى وأصح من كل الدراسات، ولا يمكن لأي معهد فني بأكمله أن يصل إلى ما وصلت إليه فطرتك التي وهبها الله لك”.
زادت غيرة القراء من شهرة الشيخ مصطفى وأسلوبه الجديد البعيد عن التقليد وحب الناس له وثقة الملك في موهبته وأخيرا تعيينه قارئا لسورة الكهف يوم الجمعة بالجامع الأزهر لأن الإذاعة كانت تنقل الصلاة من الجامع الأزهر ولم يكن قد تم اعتماد الشيخ مصطفى بالإذاعة.
زار مصطفى إسماعيل الكثير من البلاد العربية والإسلامية والأجنبية وقرأ في مساجدها ومنها سوريا والسعودية ولبنان والعراق و إندونيسيا و باكستان وتركيا وألمانيا وفرنسا وبريطانيا.